1、政府采購審計項目選擇與立項。
審計機關一般會根據財政支出類型有重點地選擇涉及采購金額較大或具有代表性的采購項目作為審計重點，而基建項目的招投標活動往往成為政府采購審計的首選項目。
2、由審計的規劃處與業務處共同商量，主要由業務處室根據往年經驗，結合本年情況(包括審前調查)，擬定審計方案，經過協商與領導批準后確立為正式方案。
3、成立審計工作組，組長一般由具備一定職級或審計經驗的人員擔任，負責具體審計方案的制訂、與被審計部門或單位的溝通協調等工作。
4、審計進駐與具體審計工作開展。
審計具體實施方案確定后，審計機關會向被審計部門或單位發出審計通知書，然后派出審計工作組進駐被審計部門或單位，根據方案實施具體審計工作。如果需要，審計工作組有權根據審計進度進行延伸審計，主要包括采購單位、供應商、相關銀行等。
5、審計意見交換與審計報告出具。
當審計工作接近尾聲時，審計工作組會結合審計具體情況與被審計部門或單位進行意見交換，當雙方意見達成共識后，審計工作組會出具審計工作報告，就被審計內容發表意見或保留意見，并提出相關整改意見。如果涉及違法犯罪行為，審計機關還要移交司法機關處理。
